实行校院两级管理，主任负责制。为保证实验教学理念的贯彻实施，实验教学水平、质量和效果的提升和《人才培养方案（实验教学部分）》既定目标的实现。本实验教学中心严格遵照执行上级有关制度和规定，同时还结合本中心实际，制订了系列的规章制度，使实验中心各项工作能按照制度顺利运行。管理制度具体包括：
（1）实验室管理制度：《信阳师范学院实验室工作管理条例》、《信阳师范学院实验教学工作管理规定》、《信阳师范学院实验教学管理规程》、《实验中心主任岗位职责》、《实验室管理制度》。
（2）仪器设备管理制度：《信阳师院实验教学物资保管制度》、、《信阳师范学院实验室建设项目仪器设备验收及报账管理办法》、《信阳师范学院一起设备维护经费管理办法》、《信阳师范学院大型仪器设备开放共享管理办法》《实验中心仪器设备管理制度》、《实验中心大型精密仪器设备管理使用办法》、《实验中心仪器设备损坏（丢失）赔偿制度》。
（3）实验教学管理制度：《信阳师范学院开放实验室管理办法》、《地理信息系统实验室管理制度》、《测绘工程实验室管理制度》、《城乡规划绘图实验室管理制度》、《自然地理过程分析实验室管理制度》《地理教学过程分析实验室管理制度》、《环境分析实验室管理制度》。
（4）安全和消防管理制度：《信阳师范学院实验室安全管理规定》、《学生实验守则》、《环境分析实验室化学危险品存放及发放制度》、《岩矿、宝玉石鉴定加工实验 室安全操作管理制度》。
